从医32年来，擅长诊治中医内科，尤其对消化系统的慢性萎缩性胃炎伴胃癌前病变、功能性胃肠病、肝硬化腹水等疑难疾病，以及对上消化道大出血、胃肠功能衰竭、急性重症胰腺炎等危急重症具有扎实的理论基础和丰富的救治经验。建立以“脾虚为本，与肝相关，调平阴阳”为基础的脾胃学术思想，总结补中、疏肝、通降、寒温并用法治疗胃肠疾病，主张“从肝治胃，从脾治肝”辨证思维，发扬大医精诚“省病诊疾，至意深心；详察形候，纤毫勿失”风范，用心治病救人，受到患者与同行认可。
一、主要学术经验
1、主张脾胃本虚论，治病时刻顾护脾胃。
2、主张胃肠疾病治疗须顺应六腑“以通为用，以降为顺”的生理特性。
3、提出“脾虚湿阻瘀毒”是慢性萎缩性胃炎及胃癌前病变的主要病因病机。
4、提出慢性胃炎“十四证候”精细辨证，精确治疗，提高疗效。
5、提出血证（吐血、便血）分期辨证施治方案。
6、提出“育阴潜阳”法治疗胃气上逆病证，如顽固性嗳气、呃逆、呕吐等。
7、注重胃病与肝相关理论，从肝论治胃病，从脾论治肝病。
8、运用疏肝安神解郁法，针药结合治疗功能性胃肠疾病，如功能性消化不良、肠易激综合症等。
9、运用益气养阴，活血利水法，通过内服外治，治疗肝硬化腹水。
二、重视科研创新
1、主持完成广东省中管局课题“健胃舒颗粒治疗功能性消化不良（脾胃虚寒兼肝郁气滞证）临床与实验研究"等2项；2、主持完成广东省科技厅课题“便携式智能灌肠器的研制及临床验证研究”1项；3、主持完成十一五国家科技支撑计划课题——“邱健行临床经验及学术思想传承研究”1项；4、正在主持实施广东省中管局课题“基于生胃方加味提高慢性萎缩性胃炎病理疗效的临床研究”1项。
先后研制三种医院制剂，健胃舒颗粒（注册批文粤Z20071342），清胃祛湿颗粒（粤Z2010030
），甘露清肠丸（粤Z20110034），以及多种外用薰洗配方及外敷药粉，收到良好的社会与经济效益。
三、发表论文与专著
1、发表代表性学术论文30余篇。
2、副主编专著《杏林健行——全国名老中医邱健行临证传薪录》一部，2014年中医古籍出版社出版。
四、获奖情况
1、“健胃舒颗粒治疗功能性消化不良（脾胃虚寒兼肝郁气滞证）临床与实验研究”，2011年获广东省科技进步三等奖，排名第一（证书：粤府证[2011]1332号）。2、便携式自动控制灌肠器，获国家级实用新型专利。
五、学术任职及荣誉
1、担任中华中医药学会第五届内科分会常委。
2、广东省中医药学会内科分会副主任委员。
3、广东省中西医结合学会脾胃消化专业委员会常委。
4、广东省肝病学会肝炎专业委员会常委。
5、广东省名中医。
6、全国第三批中医优秀临床人才。
7、获第六届中国医师奖。
8、2010年被评为全国医药卫生系统先进个人称号。
9、2017年获广东省五一劳动奖。